Badatelský zájem Michala Hořejšího se dlouhodobě upírá k diskurzům o environmentálních tématech, a především k politické instrumentalizaci ochrany přírody. Zabýval se debatou o větrných a kůrovcových disturbancích lesů Národního parku Šumava v letech 1991–2010 a vztahem mezi tradovaným obrazem minulosti Šumavy a beletrií Karla Klostermanna. Jeho přístup je postojový a orientovaný k problému a terapii, metodologicky se opírá o kvantitativní analýzy rozsáhlých jazykových korpusů. Aktuálně se spolu s Veronikou Faktorovou a Karlem Stibralem věnuje historii konceptu a pojmu divočiny v českém prostoru a jeho vlivu nejen na dynamiku veřejného diskurzu o klimatické změně a rozpadu biodiverzity, ale i na implementaci evropské environmentální politiky.
2021–dosud: editor Deníku Referendum 2021–2023: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Ústav bohemistiky 2012–2020: Ústav pro jazyk český AV ČR, Oddělení vývoje jazyka
Zahraniční pobyty a stáže
09/2022–12/2022: Universität Wien, Institut für Slawistik, v rámci projektu Rozvoj Jihočeské univerzity – Mobility II
Granty
2021–dosud: Environmentální strategie urozených velkostatkářů při transformaci krajiny. Vichřice a kůrovec v oblasti „Böhmerwald“ 1868–1929, GA21-14325S, člen řešitelského týmu 2021–2023: Teorie, metody a modely v současném jazykovědném výzkumu, člen výzkumného centra FF Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích 2020: První tištěný staročeský žaltář (filologická analýza a kritická edice), GA ČR č. 20-06229S, člen řešitelského týmu 2016–2019: Výzkumná infrastruktura pro diachronní bohemistiku, MŠMT ČR č. LM2015081, člen řešitelského týmu 2015–2017: Slovotvorný vývoj deverbativních substantiv ve staré a střední češtině, GA ČR č. 15-00987S, člen řešitelského týmu 2012–2015: Informační technologie ve službách jazykového kulturního bohatství (IT JAKUB), MK ČR č. DF12P01OVV028, člen řešitelského týmu 2012–2014: Výzkum historické češtiny (na základě nových materiálových bází), GA ČR č. P406/10/1140, člen řešitelského týmu 2012–2014: Slovní zásoba staré češtiny a její lexikografické zpracování, GA ČR č. P406/10/1153, člen řešitelského týmu
Výstavy
2023: Karel Klosterman a zrod Šumavy, Informační středisko Poledník, NP Šumava (spoluator)
Publikace (výběr)
Knižní monografie
Veronika Faktorová, Michal Hořejší: Karel Klostermann a zrod Šumavy, České Budějovice
Michal Hořejší: Politika lesa. Debata o Národním parku Šumava v letech 1991–2010, Praha 2022
Petr Nejedlý, Irena Fuková, Tereza Hejdová, Kateřina Heřmanská, Milada Homolková, Michal Hořejší, Jiří Pergler, Barbora Poledňáková, Štěpán Šimek, Miloslava Vajdlová: Slovotvorný vývoj deverbativních substantiv ve staré a střední češtině, Praha 2019
Tomáš Borovský, Radka Nokkala Miltová, Milena Bartová, Michal Hořejší, Pavel Kosek, Martin Nodl, Radmila Prchal Pavlíčková, Jan Stejskal, Adriana Šmejkalová: Sny mezi obrazem a textem, Praha 2016
Překlady
Martin Reisigl, Ruth Wodaková: Diskurzivně-historický přístup, Studies in Applied Linguistics 6, 1/2015, s. 145–177.
Studie
Michal Hořejší, O. Dufek: Spor o občana: Kritická analýza diskurzu o Klinice, Studies in Applied Linguistics 13, 2/2022, s. 7–34.
Michal Hořejší: Les v díle Karla Klostermanna, Literární archiv51, 2019, s. 8–20.
Michal Hořejší: Karel Klostermann a diskurz o Šumavě, Slovo a slovesnost 80, 2/2019, s. 105–127.
Michal Hořejší, K. Voleková: Peripheral Old Czech Names for Owls, in: I. Janyšková, H. Karlíková, V. Boček (eds.): Etymological Research into Czech: Studia Etymologica Brunensia 22 (2017), s. 165–174.
Michal Hořejší: Krajina – analýza diskurzu na pozadí lexikálního vývoje, Bohemica Olomucensia 9, 2/2017, s. 96–110.
Michal Hořejší: Karel Klostermann – dokumentarista Šumavy? Česká literatura 65, 4/2017, s. 565–589.
Michal Hořejší: Obraz Karla Klostermanna v české (literární) historiografii, Slovo a smysl 14 (27), 2017, s. 60–74.
Michal Hořejší: Co je to Šumava? Proměny jejího vymezení a recepce, in: J. David (ed.): Toponyma, Kulturní dědictví a paměť míst, Ostrava 2016, s. 144–156.
Michal Hořejší: Národní park Šumava: Hruška vs. Stráský, dva rozhovory z března 2011, Studies in Applied Linguistics 6, 1/2015 (2016), s. 47–69.
Michal Hořejší: Jazyk snářů Vavřince z Březové, Jazykovědné aktuality 52, 1 a 2 (2015), s. 53–59.
Michal Hořejší: Národní, nebo národní park? In: Między regionalizmami a kosmopolityzmem. Leipzig – Dresden – Wrocław: Neisse Verlag 2015, s. 147–164.
Popularizační články
Veronika Faktorová, Michal Hořejší: Karel Klostermann a sto let paměti Šumavy, Vesmír 103, listopad 2023, s. 902–907.
Michal Hořejší: Šumava – štěpení společnosti a krize vědy, Vesmír 99, duben 2020, s. 222–223.
P. Kjučukov, P. Hubený, P. Čížková, V. Čada, R. Bače, K. Matějka, J. Hruška, J. Zenáhlíková, M. Hořejší, M.Svoboda: Horské smrčiny Národního parku Šumava ve faktech, Lesnická práce 3/2019, s. 20–23.
Michal Hořejší: Mediální diskurz o Národním parku Šumava, in: Jazyková euromozaika. Sborník z 14. mezinárodního setkání mladých lingvistů, Olomouc 2018, s. 246–256.
Michal Hořejší, J. Vrba: Diskuse a ochrana přírody, Fórum ochrany přírody 2/2016, s. 13–15.
Michal Hořejší: Mýtus staré Šumavy, Šumavská mozkovka 2016, s. 8–9.
Michal Hořejší: Šumava Karla Klostermanna – Prostředí románu Ze světa lesních samot, Šumava, čtvrtletník Správy Národního parku Šumava, Léto 2015, s. 22–23.
Michal Hořejší: Šumava Karla Klostermanna – Prostředí Ráje šumavského a Črt ze Šumavy, Šumava, čtvrtletník Správy Národního parku Šumava, Podzim 2015, s. 24–25.
Michal Hořejší: Šumava Karla Klostermanna – Co se pod tímto pojmem skrývá? Šumava, čtvrtletník Správy Národního parku Šumava, Zima 2015, s. 24–2.